La finalitat d'INOBAIX és impulsar el desenvolupament de la innovació al Baix Llobregat creant xarxes de col·laboració, programes d'investigació, processos d'innovació entre empreses, agents socials, institucions pedagògiques, universitats, administracions, etc.
Es tracta doncs, de fomentar l'esperit emprenedor, la voluntat de compartir coneixement, la capacitat de coordinar decisions, el disseny del territori per a les noves implementacions industrials i la possibilitat de ser el centre de desenvolupament de la nova economia del Baix Llobregat, una nova economia que ha de permetre afrontar els nous reptes de la globalització econòmica.
En aquest sentit, INNOBAIX fomentarà la creació i el talent, treballant per educar noves persones emprenedores i sent capaç de realitzar una aliança per a la innovació amb tots els sectors implicats. Tot això per incrementar la competitivitat de les empreses de la comarca, incorporant tots els sectors productius, tant el primari com el secundari, terciari i quinari.
INNOBAIX s'estructura al voltant de tres eixos:
1. Generació de xarxes d'actors per fomentar la innovació de manera col·laborativa: compartir i difondre les estratègies de les ciutats que integren l'Agència per garantir la cooperació efectiva, desenvolupar iniciatives de recerca, desenvolupament i innovació al territori, entre altres.
2. Potenciar els sectors i activitats productives de l'economia de la comarca: impulsar polítiques de sòl industrial per afavorir la implementació de nous sectors i accions per al foment de sectors emergents, entre altres.
3. Col·laborar amb administracions locals i governs autonòmics, estatals i europeus: concretar la col·laboració amb la Generalitat i establir una oficina d'informació sobre subvencions i fons europeus.